La formation professionnalisante de manipulateur d'électroradiologie médicale est organisée en 6 semestres (3 années d'étude), de 20 semaines chacun, soit 4200 heures. Cette formation permet d'accéder à un diplôme d'Etat de MERM. Du fait de l'universitarisation, une partie de l'enseignement est placée sous la responsabilité de l'Université de Franche Comté, et de ce fait, une reconnaissance au grade de Licence est délivrée. La formation repose sur le processus de l'alternance intégrative, c'est-à-dire l'enchainement organisé de périodes d'institut et de stage clinique. Ce principe permet de mettre en place 10 compétences nécessaires à l'exercice de ce métier médicotechnique. Lors des stages cliniques, le rythme de l'étudiant est proche de celui d'un professionnel (35 h/ semaines). A l'institut, les enseignements sont organisés en UE (Unité d'enseignement) respectant une cohérence dans la construction de l'identité professionnelle de l'apprenant. Six domaines sont ainsi couverts : sciences humaines, sociales et droit, sciences de la matière et de la vie et sciences médicales, sciences et techniques fondement et méthode en imagerie médicale diagnostique et thérapeutique, sciences et techniques interventions en imagerie médicale diagnostique et thérapeutique, intégration des savoirs et posture professionnelle, outils et méthodes de travail, intégration des savoirs et posture professionnelle.